Navigation Toolbox zapewnia algorytmy i narzędzia analityczne do projektowania systemów planowania ruchu i nawigacji. Moduł zawiera konfigurowalne narzędzia do wyszukiwania i planowania trasy na podstawie próbkowania. Zawiera również modele czujników i algorytmy do wieloczujnikowej estymacji pozycji. Dzięki zawartym algorytmom jednoczesnego mapowania i lokalizacji można tworzyć reprezentacje map 2D i 3D z wykorzystaniem własnych danych lub generować mapy. Moduł zawiera również przykłady aplikacji do samodzielnej jazdy i robotyki.
Navigation Toolbox pozwala na generowanie metryk do oceny optymalizacji wytyczanych ścieżek, płynności i wydajności trasy. Aplikacja SLAM map builder umożliwia interaktywną wizualizację i debugowanie wygenerowanej mapy. Stworzone algorytmy można testować poprzez wgrywanie ich bezpośrednio na platformę sprzętową (wymaga MATLAB Coder lub Simulink Coder).